University of San Diego
Department of Marine Science and Environmental Studies
Spring 2006


MARS452/MARS 512

PHYSICAL AND CHEMICAL OCEANOGRAPHY
MWF 
11:15 -12:10AM   ST 230
Lab   M  2:30 - 6:30 PM    ST 174

Insturctor:  Anne Sturz, ST 274;  ext 4096;  email asturz@sandiego.edu
web page http://www.sandiego.edu/~asturz/


MARS 451/MARS 512 is an interdisciplinary, in-depth study of the physics and chemistry of ocean water,
ocean circulation, waves, and tides designed for Marine Science majors and minors.
 Prerequisites: Chemistry 152/152L, Physics 137 or 271, Marine Science 120, and Mathematics 150.


Texts
Tomczak and Godfrey   Regional Oceanography (T&G) 
available in PDF form at the following URL

                          http://gyre.umeoce.maine.edu/physicalocean/Tomczak/regoc/figlist.html

Open University Press      Marine Biogeochemical Cycles 2nd edition  (OUP-MBC)

Open University Press      Seawater: its composition, properties and behaviour 2nd edition (OUP-S)
Link to Texas A&M dictionaries

Additional readings from primary scientific literature


                                 Text            Chapter       Topic
Week 1      1/27       OUP-MBC  2.1           Global biogeochemical cycles
                                OUP-S         2, 7          Seawater and the global cycle
                                T&G             1              What drives the ocean currents?

Week 2      1/30       T&G             2, 3          Temperature, salinity, density, potential temperature
                                                                     Oceanic pressure field, Ekman transport
                                OUP-S         4               Density and pressure in the oceans
                                Olbers et al.                  The dynamical balance, transport and circulation
                                                                     of the Antarctic Circumpolar Current.   Antarctic
                                                                     Science 16:439-470  (2004)  

                                                                      link to Rossby wave
Note:  Friday 2/3  All Faith Service   shortened schedule  class begins at 10:20, ends at 11:00

Week 3      2/6       
T&G            3, 4           Dynamic topography, steric height, geostrophy,
                                                                    Ekmann pumping, Sverdrup balance, satellite oceanography

                                                                    link to references for Remote Sensing

link to TAMU Oceanworld    http://oceanworld.tamu.edu/resources/ocng_textbook/chapter06/chapter06_05.htm
link
to Topex Applications     http://www.jason.oceanobs.com/html/applications/welcome_uk.html

Week 4      2/13      T&G           5, 6            Water mass identification, subduction, thermohaline circulation,
                                                                    global heat budget, Southern Ocean
                                Jacobs                         Bottom water production and its links with the thermohaline
                                                                    circulation.   Antarctic Science 16:  427-438  (2004)

Week 5      2/20      T&G         7, 8, 9         Arctic Ocean, Pacific Ocean   
                                Vella et al.                   Modeling local tidal constituents using TOPEX/Poseidon
                                                                   SSH for the Malaysian Marine region.  Marine Geodesy
                                                                   24: 99-106  (2001)

                               link to NOAA PMEL  http://www.pmel.noaa.gov/home/data.shtml

Week 6     2/27        T&G        11-15         Indian Ocean, Atlantic Ocean  
                                 Collins et al.               The California Current system off Monterey, California:
                                                                   physical and biological coupling.  Deep-Sea Research II
                                                                   50: 2389-2404 (2003)

link to NOAA AOML  http://www.aoml.noaa.gov/phod/wbcts/index.php
link to Oceans of the World  http://pao.cnmoc.navy.mil/pao/Educate/OceanTalk2/indexoceans.htm

Week 7      3/6        OUP-S         3            Salinity in the oceans
                               OUP-MBC                 Biological particulates, the importance of organic matter

                               2.1, 2.2.1-2.2.2          Conservative and non-conservative behavior of ions
                                                                 EXAM 1 in Lab Monday March 6

                                                                 Spring Break   March 13 - 17

Week 8      3/20      OUP-S        6            The seawater solution

                               OUP-MBC  2.5         Air-sea interface, gas solubility  
                               OUP-MBC                Distribution of elements in seawater, ion speciation       
                                2.2.3-2.2.4   

Week 9     3/27        OUP-MBC              Biolimiting elements, vertical and horizontal segregation
                                2.3, 2.4                           
                                Passier et al.             Sulphidic Mediterranean surface waters during Pliocene
                                                                sapropel formation.  Nature  397: 146-149  (1999)
                                Kemp et al.              The role of mat-froming diatoms in the formation of
                                                                Mediterranean sapropels.  Nature 398: 57-61  (1999)

Week 10     4/3      OUP-S  6.3.3-6.3.4  Trace elements; anoxic environments
                                OUP-MBC             Authigenesis, diagenesis and clay minerals
                                 5.1, 5.2         
                                                         

Week 11     4/10    OUP-MBC 4.3.3      Carbonate Chemistry
                                                                EXAM 2 in Lab Monday April 10

Week 12     4/17                                     No formal class meeting
                                                               work on lab calculations

Week 13     4/24     OUP-S    6.3.1, 6.3.2   The carbonate system          
                              
Sabine et al.              Seasonal CO2 fluxes in the tropical and subtropical
                                                               Indian Ocean.  
Marine Chemistry 72: 33-53 (2000)  
                               Gehlen et al.            Reassessing the dissolution of marine carbonates:
                                                              I.  Solubility.  Deep-Sea Reseach 52: 1445-1460 (2005)

Week 14     5/1                                     Hydrothermal systems
                             Wheat & Mottl         Composition of pore and sping waters from Baby
                                                             Bare:  Global implications of geochemical fluxes
                                                             from a ridge flank hydrothermal system   Geochemica
                                                             et Cosmochimica Acta 64: 629-642    (2000)    

Week 15    5/8                                    Biogeochemical budgets
                           Wheat & Mottl         GCA (2000) 

Week 16   5/15                                   Catchup and review for final exam,  Lab Report due

                                                           FINAL EXAM     Friday  May   19    11AM to 1 PM

Grades will be based on 3 lecture exams @ 100 points each and 2 lab reports @ 100 points each.  
 Lecture exams will be given during lab.   The exams are open book, open note.
 Please see the lab syllabus for further details about lab reports.                           
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